La creación del museo se remonta a la gestión municipal del Dr. Alberto Natale quién, a través de una Ordenanza de 1981, concretó la demanda de diversos sectores sociales sobre la indiscriminada destrucción de testimonios históricos de la ciudad y estableció, en Bv. Oroño 1540, la nueva institución municipal.

La misma tuvo como objetivos clasificar, ordenar y exponer las piezas de su repositorio, catalogar la biblioteca, organizar un gabinete de investigaciones históricas y museológicas, editar publicaciones y propiciar la difusión del pasado.

En 1983 se iniciaron los cursos de Museología Histórica, que dieron origen a la carrera de Conservador de Museos y en 1985 se puso en marcha la Biblioteca Pública.

A principios de los noventa la institución se trasladó al Parque de la Independencia. La nueva sede, edificio construido en 1902 para la Administración del Parque y la Escuela de Aprendices de Jardineros, fue restaurada y adaptada a las nuevas funciones, inaugurándose oficialmente el 27 de agosto de 1993.

A partir de allí se realizaron una gran cantidad de actividades tendientes a difundir el patrimonio del museo y se registró un fuerte incremento de la colección, particularmente fotografías antiguas, postales y afiches, material bibliográfico y documental y objetos de la vida cotidiana de los rosarinos.